티스토리

Jaewoong Lee

검색하기

블로그 홈

Jaewoong Lee

woonghyu.tistory.com/m

Jaewoong Lee 님의 블로그입니다.

구독자: 2

방명록 방문하기

주요 글 목록

Gibbs free energy calculation 1. 요약VASP에는 gaussian과 달리 Thermal energy correction을 직접적으로 해주는 module이 존재하지 않음vaspkit 등 외부 module 필요함https://www.youtube.com/watch?v=WG7wubNGX2E&ab_channel=dbinfotech 해당 영상에 나와있는 tag값을 그대로 사용했다IBRION = 5 POTIM = 0.02 NFREE = 2geometric optimization 구조에서 INCAR에 위의 tag를 추가한 뒤 계산을 진행해주면 된다. 2. VASPKITfrequency 계산을 진행한 폴더에서 VASPKIT 실행 → 5(Catalysis-ElectroChem Kit) → 501/502(Thermal corrections for .. 공감수 0 댓글수 0 2024. 11. 25.
DOS(Density of states) calculation ISMEAR = -5 #Gaussian SmearingLORBIT = 11 # or 10SIGMA = 0.05 # depends on materials Gaussian Smearing 간단하게 요약하자면 이산적인 값을(날카로운 스파이크) 연속적인 부드럽게 픽으로 만드는 기법. VASP 계산에서 제한된 수의 k-point를 사용하면 특정 에너지에서 상태가 이산적인 값으로 계산되는 점을 gaussina smearing으로 해결. 더 부드럽고 직관적인 DOS 그래프를 제공양자적 효과를 정확히 모사하는 것은 아니고, 계산의 시각적 개선을 위한 수학적 도구LORBIT 공감수 1 댓글수 2 2024. 11. 14.
Solvation energy calculation - PCM(Polarizable continuum model) 1. 핵심요약# B3LYP/6-311+G(2d,p) SCRF=(PCM,Solvent=Acetone)SCRF = PCM keyword로 사용, sovlent의 list는계산한 결과는 output file에 나타난다.2. 이론 공감수 0 댓글수 0 2024. 11. 14.
체스일기-241114 체닷 래피드 레이팅 770점 달성..! 행마법만 익히고 무식하게 시작했을 때 보단 확실히 늘었다. 체스프릭과 슥슥이 유튜브 채널을 보면서 공부도 하고.. 훈련소에서 읽을 체스 책도 도서관에서 빌렸다. 아직 오프닝을 잘 몰라서 백으로 시작하면 이탈리안 오프닝 흑으로 시작하면 프리스타일로 두는데 흑 주력 오프닝도 연습해볼 계획. 올해 목표는 1000점! 공감수 3 댓글수 3 2024. 11. 14.
Gaussian에서 HOMO/LUMO 계산 1. 한줄 요약구조 optimization, frequency 계산만으로도 결과를 얻을 수 있다# B3LYP/6-311+G(d,p) Opt Freq #hybrid function과 basis set은 변경 가능 참고대규모 계산을 돌릴 때 gaussian output file에서 HOMO와 LUMO 값 읽는 python code def read_homo_lumo(filename): with open(filename, 'r') as f: lines = f.readlines() last_occ_line = None last_virt_line = None for i, line in enumerate(lines): # last "Alpha occ. eigenval.. 공감수 1 댓글수 1 2024. 11. 9.
Auto-encoder 1. 개요Unlabeled training data로 부터 lower-dimensional feature representation을 학습dimensioality reduction를 하는 이유: "의미 있는" feature을 extract 하기 위해 Encoder에서 input data 를 압축하고, decoder에서 복원 공감수 0 댓글수 1 2024. 11. 8.
VAE, Auto-Encoding Variational Bayes 1. 개요VAE는 generative modelinput으로 받은 image로부터 유사한 image를 생성하기 위한 model parameters들을 학습함 = 유사도를 높일 수 있는 model parameter을 학습함 Intractable density function 을 사용함 = 최적화를 직접 할 수 없어서 lower bound를 유도해 likelihood를 구함 참고문헌 https://deepinsight.tistory.com/121 https://velog.io/@gunny1254/Variational-Auto-Encoder-VAEhttps://medium.com/humanscape-tech/paper-review-vae-ac918509a9ba 공감수 0 댓글수 0 2024. 11. 8.
Data-Driven Insight into the Reductive Stability of Ion−Solvent Complexes in Lithium Battery Electrolytes [2023, JACS] 1. IntroductionData driven 방식으로 생성한 Lithium Battery의 electrolyte solvent molecules의 reductive stability를 study. 2. Method 1) Graph theory molecular generation algorithmatom은 vertex, bond는 edge로 molecular를 graph로 표현base가 되는 molecular에 oxygen / carbon vertex를 add, edge 는 single /double로 edgeHydrogen atom은 graph내에서 고려되지 않기 때문에 degree of carbon 과 oxygen에 constrain을 둠생성 알고리즘. 크기가 n-1인 graph부터 순차적으로 N.. 공감수 0 댓글수 0 2024. 11. 8.
thermophysical property of polymer (고분자의 열역학적 성질) 고분자는 고분자를 이루는 chain의 배열상태에 따라 두 가지로 나눌 수 있다. 무작위적으로 배열된 chian 영역을 amorphous polymer라고 하고, 규칙적으로 쌓아올려진 영역을 crystalline polymer 이라고 한다. 대부분의 고분자는 100% amorphous 하거나 crystalline 하지 않고, 두 영역이 혼합된 semi crystalline 배열을 하고 있다. 긴 사슬을 갖는 고분자는 가열하면 특성이 변화하게 된다. 낮은 온도에서는 glass 상태지만 온도가 올라가면 rubber 상태로 변화하게 된다. 이 상전이가 일어나는 온도를 Tg(glass transition temperature) 라고 한다. Tg 이상으로 계속 온도가 올라가면 액상이 되게 되는데 이때의 온도를 Tm.. 공감수 5 댓글수 1 2019. 7. 1.
introduction of polymer chemistry (2) ladder polymer: 두 linear polymer이 기본 뼈대를 이루고 있고 규칙적인 간격으로 crosslinking unit이 결합한 polymer. 예시로 hydrogen bonding이 규칙적으로 배열된 DNA가 있다. ladder polymer은 crosslinking unit 때문에 thermal stability가 좋고 rigid하며 less soluble하다. MW drop이 일어나기 위해선 기본 뼈대를 이어주고 있는 crosslinking을 모두 잘라야 되기 때문에 안정성을 보인다. Copolymer: 두개 이상의 monomer가 조인된 polymer을 copolymer이라고 한다. copolymer은 두 monomer가 결합된 규칙성에 따라 분류할 수 있다. 1) random c.. 공감수 0 댓글수 0 2019. 6. 30.
introduction of polymer chemistry (1) monomer: polymerization이 가능한 분자. polymer의 반복적인 구성 요소가 된다. 아래 그림에서 ethylene과 amino acid 분자가 해당된다. polymer: macromolecule, 하나 혹은 여러개의 monomer 들이 길게 이어져 만들어진 분자. 각각의 monomer들은 primary covalent bonding으로 이어져 있다. supramolecular: polymer은 covalent bonding으로 이루어진 반면 supramolecular의 구성요소는 non covalent bonding으로 이루어져 있다. polymer 처럼 분자량과 분자크기가 거대하며 polymer과 비슷한 성질을 나타낸다. oligomer: low molecular weight pol.. 공감수 0 댓글수 0 2019. 6. 30.
free radical polymerization -개요 자유라디칼중합은 말 그대로 라디칼이 참여하는 polymerization 과정이다. 성장하는 chain의 끝부분에 라디칼이 만들어지고, 다른 monomer을 공격하면서 chain이 성장한다. 주로 이중결합(alkene)을 가지고 있는 monomer에서 일어나는 중합과정이다. 대표적인 예로 PS(poly styrene), PVC(poly vinyl chloride)등이 있다. 중합과정은 크게 4단계로 나누어진다. 1. initiation : active center(라디칼)이 만들어지는 과정 2. propagation: 라디칼이 옮겨가면서 monomer이 chain에 더해지는 과정 3. chain transfer: active site가 monomer이 아닌 다른 분자로 이동, dead radical이 되고.. 공감수 4 댓글수 0 2019. 6. 30.
ehters와 epoxide 에터는 두개의 organic group(alkyl, aryl, vinyl)이 같은 산소 원자에 결합되어 있는 작용기이다. 에터 분자 내의 쌍극자 모멘트가 O쪽으로 향해있지만 그 크기가 작기 때문에 non polar에 가깝다. 한편 용매는 inert 하고 homogenoeus solution 을 만드는 것이 좋다. 따라서 에터는 용매로 사용되기에 적절하다. 참고로 Tetrahydrofuran는 furane보다 4개의 수소가 더 많기 때문에 다음과 같이 부른다. 에터의 합성 에터의 합성법에는 크게 3가지 방법이 있다. 1) 두 알코올의 공감수 0 댓글수 0 2018. 12. 31.
aromaticity와 huckel's rule huckel's rule은 단일고리의 aromaticity를 정의한다. huckel's rule 1. cyclic 2. conjugation = p orbital이 고리의 원자마다 있어야 한다. 3. planar ; 정확하게 표현하자면 p 오비탈의 겹침이 일어날 수 있을 정도의 planar이어야 한다.4. (4n+2)개의 pi electrons 을 가져야 한다. 조건 aromatic anti aromatic non aromatic cyclic o o 하나라도 만족하지 않는다면 non aromatic이다. conjugation o o planar o o pi electron 4n+2 4n aromatic < non aromatic < anti aromatic 순으로 에너지 준위가 높다. 즉 불안정하다. 또.. 공감수 0 댓글수 0 2018. 12. 29.
벤젠의 안정성 일반적인 알켄의 C=C 이중 결합에서 Br2는 쉽게 첨가반응이 일어난다. 전자가 상대적으로 많은 알켄은 Nuclophile, 전자가 상대적으로 적은 루이스 산인 Br2는 electrophile(by self disosication)로 작용한다. 고리형 중간체를 형성하며 anti 생성물이 만들어진다. 그러나 벤젠의 C=C 이중결합에서는 Br2 첨가반응 대신 치환반응이 일어난다. H2와 금속촉매(Pt, Pd, Ni 등)을 이용한 알켄의 환원반응(수소화반응)이다. styrene에서 벤젠고리 밖의 이중결합은 온화한 조건에서도 쉽게 환원되지만 벤젠 고리 속의 이중결합을 환원시키기 위해선 고온 고압의 극단적인 조건이 필요하다. 이러한 반응이 일어나는 이유를 결론부터 말하자면 벤젠의 aromaticity 때문이다. .. 공감수 3 댓글수 0 2018. 12. 28.
분자 오비탈(MO) 모형 그리기 분자 오비탈(MO) 모형 그리기 aromatic MO에 대해서는 frost rule을 따로 적용해야 한다. 여기서는 aromatic이 아닌 일반적인 conjugation diene or ployene에 대해 알아보도록 한다. 공감수 0 댓글수 0 2018. 11. 30.
일차 amine의 합성 알릴아민의 경우 nitrobenzene에 NO2를 환원시킬 수 있는 환원제를 사용하므로서 쉽게 만들 수 있다. 이때 H2+Pt 촉매의 경우 벤젠고리에 치환된 C=O 를 환원시킬 수도 있으므로 선택적으로 SnCl2 + 산촉매를 사용하기도 한다. 환원제의 종류와 효과에 대해서는 따로 자세히 다루도록 한다. 벤젠고리 NO2의 환원 방법1. H2 + Pt촉매 2. metal + H+ (아래의 경우에는 SnCl2) 암모니아나 아민은 좋은 nucleophile로 작용할 수 있다. 따라서 할로젠화 알킬과 반응 할 시에 쉽게 SN2 치환반응이 일어난다. NaOH는 HX를 제거해주는 역할을 한다. 그러나 암모니아 혹은 아민의 SN2치환반응을 통한 아민의 합성은 화학적으로 적절하지 않다. 이미 치환이 일어난 생성물에서 치.. 공감수 0 댓글수 0 2018. 11. 29.
amine amine은 ammonia의 유도체이다. ammonia 처럼 nitrogen 원자에 고립 전자쌍을 가지고 있으며, 고립 전자쌍으로 인해 base 이며 동시에 nucleophile로 작용을 한다. 아민 화학은 질소의 고립 전자쌍에 의존한다. 1. amine 의 명명일반적으로 일차, 이차, 삼차 라는 용어는 탄소 원자의 치환 정도를 나타내지만 아민 화합물에서는 질소 원자의 치환 정도를 말한다. 하나의 질소 원자에 네 개의 원자단이 결합된 quarternary ammonium salt 역시 존재가 가능하다. 이때 질소 원자는 양전하를 가진다. 헤테로고리에 질소가 포함되어 있는 헤테로고리 아민에서 질소 원자는 항상 1번 위치가 된다. 질소가 2번 위치에 있는 경우 iso-를 접미사로 붙힌다. 2. amine의 .. 공감수 0 댓글수 0 2018. 11. 27.
aromatic compound의 electrophilic aromatic substitution 위치 aromatic compound의 electrophilic aromatic substitution 위치 aromatic compound은 electrophilic과 substitution반응을 할 수 있다. 이때 반응 위치를 결정하는 원리는 간단하다. "반응이 가능한 위치에 치환이 되었다고 가정하고, 가장 많은 공명구조가 그려지는 위치에서 반응이 우세하게 일어난다." aromatic compound가 heteroaromatic 이든 monoaromatic 이든 상관 없이 모두 적용되는 규칙이다. 가장 많은 공명구조가 존재한다는 것은 그 위치에서 양이온 중간체가 제일 안정하다는 뜻이다. example) 나프탈렌의 반응 위치 다른 쪽 benzene ring의 aromaticity를 유지하면서 공명구조를 그려.. 공감수 0 댓글수 0 2018. 11. 27.
유기화학의 stability 판단 기준 유기화학의 stability 판단기준 1. inductive effectby electronegativity 2. resonance effect1) c-c=c-c= double single bond2) c=c-x (non bonding electron)3) c=c-c (carbon radical, carbocation, carboanion)4)hyper conjugation+ size effect 3.strain 1)angle strain 2)torsional strain 3)steric strain 이 기준들은 유기화학에서 stability, reactivity 등 판단의 기준이 된다.unstable 할 수록 더 reactive 한 것이므로 stability를 기준으로 설명을 하도록 한다. 여기서 말하.. 공감수 0 댓글수 0 2018. 11. 25.

문의안내

티스토리
로그인
고객센터

티스토리는 카카오에서 사랑을 담아 만듭니다.